📑DNA Sequencer.
Resumen del proceso de compra
Este proceso es para comprar DNA Sequencer.
Este contrato fue adjudicado por 🇩🇰 Aarhus Universitet por un monto de DKK 1,700,000 a 1 proveedor. Fue publicado el 2015-12-11 mediante direct
La transparencia en este proceso se refleja en la publicación detallada de todos los aspectos del contrato y sus resultados.
Entidad compradora🇩🇰 Aarhus Universitet Unidad compradorano reportado Fecha de publicación2015-12-11 Estatus del concursono reportado DescripciónSequencer requirements for use by ENVS.-- For use in both de novo assembly of eukaryotic and bacterial genomes as well as metagenomes we require a sequencer with true paired end sequencing capabilities;-- We need a bench top sequencer with fully integrated work flow: amplification, clustering and sequencing. This has many advantages of which some are: faster work-flow, less contamination, significant fewer manual steps and therefore fewer manual errors;-- We require an Emulsion PCR free sequencing workflow, due to limited special rooms for EMPCR-setup and Emulsion Breaking;-- We need a sequence-by-synthesis (SBS) instrument in order to make data comparable to already started projects. This is due to the fact that different sequencing techniques have different bias in generation of data;-- We need a sequencer which minimizes homopolymer prone sequencing errors and also limits data-handling time in avoiding 'denoising' as known from 454 and Ion torrent / Proton based technologies;-- For larger projects (transcriptomics) we need a sequencer with outputs of up to 120 Gb per run;-- We need high quality scores with at least 75 % of bases with Q scores > 30;-- Compatibility with low input library preparations (like Ultra DNA Library Prep kit from NEB or Nextera XT kit for compatibility) with existing lab equipment and work-flow.The Illumina NextSeq 500 system is the only sequencer on the market meeting these requirements. It is also the state-of-the-arts instrument widely used for bacterial trancriptomic studies. The work-flow and data treatment can be streamlined with existing Illumina facilities at ENVS. In addition, it is crucial that we continue with sequence-by-synthesis (SBS) instrumentation, since instrument bias will render already expensive projects impossible to continue and compare to new ones on the high-throughput Sequencer.Market survey: We have thoroughly scanned the market for high-throughput DNA sequencers and have listed the 3 closets competitors below.They are: pacific biosciences.-- To low output for Transcriptome applications (only up to 1 000 000 reads and 0.4Gbases output), No paired end sequencing, no compatibility with library preparation and existing lab equipment and work-flow.Life Technologies Solid (various versions).-- Read length too short (only 85bp), Emulsion PCR dependent, Sequencing by ligation (different sequencing chemistry prone to substitutions particularly at the end of the read).Life Technologies IonTorrent/IonProton sequencers.-- Emulsion PCR dependent, To low output for Transcriptome applications (only up to 60 000 000-80 000 000 reads, 10 Gbases output), problems with indels in homopolymer areas, no compatibility with library preparation and existing lab equipment and work-flow. No true paired-end sequencing,As can be seen from the survey, none of the competitors match our requirements of read length, output, quality, data compatibility and work-flow.Adjudicaciones
Esta adjudicación fue otorgada a Illumina Denmark ApS por Aarhus Universitet por un monto de DKK 1,700,000. El proceso de contratación se realizó mediante direct para la categoría de goods. Esta es la adjudicación número 1.
| Proveedor | Monto | Número de adjudicación |
|---|---|---|
| 🇩🇰 Illumina Denmark ApS | DKK 1,700,000 | 1 |
Contexto del mercado y oportunidades
La ejecución de este contrato permite a la entidad Aarhus Universitet cumplir con sus objetivos de servicio público de manera eficiente.
La modalidad de compra direct asegura que el proceso sea transparente y conforme a la normativa.
La transparencia en este proceso se refleja en la publicación detallada de todos los aspectos del contrato y sus resultados.
Esta transparencia en la contratación pública promueve la competencia justa, previene la corrupción y asegura que los recursos públicos se utilicen eficientemente para el beneficio de la ciudadanía.
Datos adicionales
Código de contratoDK_ocds-70d2nz-4e1f04a5-276c-40b2-a5d2-9bb7a1857abb-award-1Fecha de publicación2015-12-11Fecha del contratono reportadoFecha de adjudicaciónno reportadoCategoríasgoodsModalidad de compradirectDetalles del métodof03_award_without_prior_publicationEstadono reportadoFuentes de datos
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